此时的猿族正沉浸在重新登陆地球的喜悦中，它们以无可抵挡的强大力量击杀外邪魔后裔。这让它们有些自满，加上它们防护齐全，头上还带了呼吸器，自然就放松了对地球空气的继续监察，没能发现这些悄悄进入空气中的特殊病毒。只是很短时间，特殊病毒就接触到猿族战士，这些病毒虽然无法直接进入猿族战士的呼吸道，但它们依然通过猿族战士的身体进入体内，开始在猿族战士体内快速繁殖。
这种特殊病毒原本就非常强大，只要感染就可以让猿族失去理智，并进行蜕化。杨奇得到朱勇关于各种病毒研究的科技和思路后，他的灵感如潮，居然在不可能的情况下对这种特殊病毒进行了再次改进。并通过在那个猿族战士俘虏身上进行实验，制造出了改进型的新特殊病毒。
之前的特殊病毒只能通过呼吸道进行感染，但是在杨奇的改进后，这种特殊病毒感染猿族的方式进行了扩展，只要猿族身体任何地方接触到这种特殊病毒，就会被这种特殊病毒感染。猿族并没有穿完全密闭的隔离服，自然就被这种特殊病毒感染到。在病毒潜伏期结束后，猿族战士就开始失去理智，才会忽然间对自己的战友出手，导致整个地面上的猿族部队乱成一团。
全新的特殊病毒虽然一直在猿族体内发作，但它却很难被发现。在杨奇的重新设计下，当特殊病毒在进入猿族体内后，就会自动伪装，将自己伪装成猿族体内的正常细胞。猿族科学家想要将这种特殊病毒找出来，至少需要一个月以上的时间。而在一个月时间里，将有更多猿族战士被特殊病毒感染……
杨奇具有超强的科研能力，还有强大的科技推演系统帮助，但就算是这样，因为病毒实在太了，他也无法对这个病毒无法进行如此多的微操作。好在地球上的规则发生了变异，一直到现在都没有复原，才使得杨奇在变异规则的帮助下完成了这次史无前例的病毒编纂。
杨奇没有增强特殊病毒的致命性，它依然只是对猿族有效，对其它生物体没有任何作用。但它却增加了特殊病毒的传染性和隐蔽性，因为这个隐蔽性，才给猿族带来了大的麻烦。
在猿族战士的屠杀下，地球残余人类已经绝望了，却没想到战无不胜的猿族战士居然会发生激烈的内讧，接着还全部回到星球作战飞机上，回到太空中的宇宙战舰里。于是得到喘息之机的地球人类马上进行串联，就要趁着这个时间制造出更多的大威力武器，并训练军队，准备迎接猿族战士下一波的攻击……
直到一个月后，猿族科学家才识破了特殊病毒的伪装，将它们从猿族体内分离出。通过对这些特殊病毒的研究，猿族科学家终于发现这些特殊病毒的作用，那就是让感染的猿族慢慢失去理智，并蜕化成野兽，并自相残杀，这就是地球上的猿族忽然间发生内讧的最根本原因。
随着研究的进行，猿族科学家发现了这种特殊病毒的超级传染性，但它们的发现太晚了，因为在这一个月时间里，第一批被带回猿族旗舰的猿族战士已经将病毒传播开来，整个猿族旗舰里到处都是这种特殊病毒，大部分的猿族都感染了这种病毒。就是外面那些宇宙战舰，也因为里面出现大量感染者而陷入混乱郑
原本还有足够的猿族战士对被感染的猿族战士进行看守，但是当这些守卫也被特殊病毒感染后，它们同样失去了理智，开始和身边的同胞疯狂作战。它们的加入，使得包括猿族旗舰在内的整个舰队都陷入了战乱之中，到处都在发生惨烈的内部大战。
一个月后，猿族舰队还是混乱不堪，到了这个时候，依然保持清醒的猿族指挥官终于下定决心，它启动旗舰里的人工智能，利用人工智能控制旗舰里的各种武器，对旗舰里大肆破坏的猿族战士进行攻击。
在这些毁灭性武器的攻击下，里面发狂的猿族战士被大量击杀。只是很短时间，整艘猿族旗舰里被感染的猿族战士就被全部肃清。而外面全部陷入疯狂中的宇宙战舰，则是被猿族旗舰发射的能量武器击毁。