一会巫者果到，班超立刻把他斩首，拿他的首级送给于阗王，并责备他。他早已知道班超在部善的伟绩，见了巫者血淋淋的首级，更加惶恐，便攻杀匈奴的使者而投降于班超。超厚赏王以下，优加抚慰。永平十七年，汉始复置西域都护。是年班超去于阗，从间道至疏勒。先是龟兹倚仗匈奴的威势，雄踞天山北路，攻破疏勒，杀其王，而立龟兹人兜题以代之。超既至疏勒，先派属吏田虑去招降兜题，并嘱咐他道：“兜题本非疏勒种，国人必不替他出死力，他若不降，便把他拘执。”兜题果然无意归降，田虑便乘他无备，把他缚了，他左右的人惊骇而散。班超赶到，召集疏勒将吏，宣布龟兹无道之状，改立旧王的侄子忠为王，疏勒人大悦。忠和官属请杀兜题，班超却把他放了遣送回国。永平十八年，明帝去世，章帝继位。龟兹和焉耆乘中国的大丧，攻杀都护陈睦，于是班超孤立无援。龟兹姑墨屡次出兵攻疏勒，班超率着那三十几个吏士，协同疏勒王拒守了一年多。章帝初即位，见他势力单薄，怕蹈陈睦的覆辙，便召他回国。疏勒都尉见留他不住，拔刀自刎。他行到于阗，于阗的王侯以下号泣留他，抱住他的马脚。他于是复回疏勒。时疏勒已有两城降于龟兹，和尉头国连兵。班超捕斩叛徒，击破尉头，杀了六百多人，疏勒复安。章帝建初三年(公元78年),班超率领疏勒、康居、于阗和拘弥兵一万人攻破了姑墨(时姑墨附龟兹，其王为龟兹所立)的石城，斩首七百级。班超想趁势平定西域诸国，上疏请兵。五年，朝廷派弛刑及应募千人来就。先是，莎车以为汉兵不出，降于龟兹，而疏勒都尉番辰亦反叛。援兵既至，超击番辰，大破之，斩首千余级，获生口甚众。超欲图龟兹，建议先联乌孙，朝廷从之。八年，拜超将兵长史。九年，又给他增兵八百。超于是征发疏勒、于阗兵击莎车。莎车秘密勾结疏勒王忠，啖以重利，忠遂反叛。超改立疏勒王，率效忠的疏勒人以攻忠，相持半年，而康居派精兵助忠，超不能下。是时月氏新和康居联婚，相亲善。超派人带了大批的锦帛送给月氏王，请他晓谕康居罢兵，果达目的。忠势穷，被执回国。其后三年，忠又借康居兵反，既而密与龟兹谋，遣使诈降于超。超知道他的奸谋，却装着答应他。他大喜，亲来会超，超暗中布置军队等待他。他到，设筵张乐款待他。正行了一轮酒，超呼吏把他缚起，拉去斩首。继击破他的部众，杀了七百多人，疏勒全定。次年，超征发于阗等国兵二万五千人复击莎车，而龟兹王遣左将军征发温宿、姑墨、尉头兵合五万人救莎车。超召集将校和于阗王等商议道：“现在我们兵少，打不过敌人，计不如各自散去，于阗军从这里东归，本长史亦从这里西归，可等夜间听到鼓声便分途进发。”同时暗中把夺得的生口放了。龟兹王得到这消息大喜，自领万骑在西界拦截班超，而命温宿王领八千骑在东界拦截于阗军。超探知他们已出发，密令诸部准备，于鸡鸣时突击莎车营。敌军大乱四窜，追斩五千多级，获马畜财物无算。莎车穷蹙纳降，龟兹等各自散去。班超由此威震西域。