虽然由于弗洛伊德等人的天才的工作和成就，使梦的研究终于进入了科学的殿堂。但是，直到今天，它仍然被挤在这个殿堂的角落。研究梦的科学家被另外一些更严格的或许是更固执的科学家所轻视。后者提出的疑问是：“你们说梦有意义，可是你们如何证明这一点？怎么才能分辨出你们对某个梦的解释是不是它原有的意义？举例来说：你们说某个女子梦见打针表示想性交，而我们说这只不过是因为她那天打过针，有什么方法可以证实你们是对的？”
这里，我们对释梦的方法论问题作一些简要的阐述。对关注释梦的科学性的人来说，这一部分很关键，不过如果你只是关注释梦的技术层面的话，可以略过此章。
一、对各种梦的观点的方法论质疑
认为梦没有意义的巴甫洛夫式的解释，在逻辑上不成立。因为它混淆了生理和心理两个层次，或者说，他忽略了梦的心理意义。在生理层次上，或许可以说梦只是大脑皮层的残余活动（现代对梦的生理学研究发现，问题也不是这么简单）。但是这并不说明心理活动是无意义的，大脑皮层部分活动并不说明其心理内容也只是部分残片。
梦是预兆这种观念的信仰者举出了许多例子，证明某个梦兆出现后，的确发生了相应的事情。但是他们忽略了这一点，梦也常常有预兆未实现的时候。从来没有人统计过梦兆的准确率。例如，说梦见棺材会升官发财，假如某一个人梦见棺材后过不久真升官了，这个梦就会众口相传，作为准确预见的证据；而另一个人梦见棺材没有升官发财，就不会有人提起这个梦。因此，也许实际上梦和后来的事并没有关系，梦见棺材后升了官，只是一个偶然的联系。
更何况，许多预兆性的梦也许完全是伪造的。周文王遇见姜太公，认为他是很好的人才，想破格提拔他，又怕群臣不服气。于是他假说自己做了个梦，梦见先王让他去某处找一个什么什么样子的老人作辅佐。这样大臣们就同意让貌如梦中人的姜太公做“总理大臣”了。周文王被誉为圣贤尚且如此，后世皇帝和想当皇帝的人，以及其他怀有政治目的的人，更不用说，也会编造预兆性的梦去达到自己目的了。
何况，一件事被传得越来越神更是常有的事。
梦是灵魂活动的说法也难于证实。因为我们无法证明灵魂存在。如果说因为有梦所以证明灵魂存在，因为灵魂存在所以有梦，这就成了循环论证。何况这种说法还有它难以解释的现象。如果某甲梦见某乙是某甲的灵魂遇见了某乙的灵魂，那某乙在同夜也应该遇了某甲才对。可是实际上两个人在同一天夜里互相梦见对方的例子却很少。多数的情况是，某甲在梦里用刀刺死了某乙，而某乙却一点也没在梦里感到疼痛，也根本没见到某甲。
认为梦是身体状态或病变反映的人，一般还可以找到一些例子证明他们的观点。但是，这种解释只适用于少数的梦。多数时候，我们没有任何病变，身体没有什么特殊情况，也没有饥饿、口渴、寒冷等感觉，却仍然在做梦，这些梦就需要其他的解释了。
弗洛伊德提出梦是愿望的满足，并且发展了科学的解释法，因此他的证据相对来说可靠性大多了。他的释梦法可以揭示出梦的显意和隐意之间的联系，从而使他对隐意的解释更可信。
例如，“她把蜡烛置在烛台上，但蜡烛断了无法撑直”。
根据弗洛伊德的解释，这暗指她丈夫阳痿。证据是，这个女子回忆起她听到的猥亵的歌：“瑞典的皇后，躲在那紧闭的窗帘内，拿着阿波罗的蜡烛……”
但是弗洛伊德关心的，主要是如何通过释梦了解一个人内心隐蔽着的东西，而不是如何证明他的解释正确。他就像一个侦探，从一点点蛛丝马迹中寻找罪犯的踪迹。他不像法官，要让每一个证据都尽可能地可靠。因此对于如何发现梦的潜在意义，他考虑得很多，对于如何证明这些意义可靠，他考虑得就稍少了一些。弗洛伊德的理论常常遭到“科学性不够”的批评，也正是由于这个原因。
二、现象学方法的应用
任何对梦的内容的研究都不可能沿袭实证主义的科学方法论，梦这种现象和许多其他现象不同。在实证主义科学中有这样的原则：认为只有两个以上的人同时观察的同一事件才可信，并且一个现象必须可以在相同的条件下能重复。如果按这个原则，梦是不可能成为科学研究的对象的。梦既不能由两个人同时看到，又不能重复。我们可以和几百人一起观察海市蜃楼、彩虹、潮汐，而从不可能有两个人一起观察同一个梦。虽然我们可以用脑电图、测量眼动等方法判断人是否正在做梦，但是我们绝不可能知道他梦见了什么。
这并不意味着梦的研究注定不科学，只是说明梦的内容的研究不是实证主义的科学研究对象，它可以是现象学基础上的科学的研究对象。
在现象学的基础上，作者认为我们可以拓展上述原则，修改为：两个以上的人观察到相近的事件有可信性，可以用相似的形式重复出现的现象有可信性。这样，虽然人们不可能梦到同样的梦，但是只要大家的梦有相似性，就可以进行研究了。
在现象学基础上，梦在一个人那里显现出来的样子是研究的基础，但是这个样子只有梦者才能知道，因此，证明梦的意义或进一步研究梦，都不能不依靠梦者的自我观察或称内省法。因此在方法论上，作者认为，内省是梦研究的基础。
但是，内省会不会不可靠呢？在心理学研究中，内省法是最早被使用的方法，但是后来心理学放弃了这种方法，至今这种方法仍旧不受重视。原因就是内省法有它的局限性。在对梦进行内省时，也有许多局限，这包括：
1.干扰。内省活动会干扰正在进行中的心理活动。在半醒半睡时，如果努力内省努力记忆梦，梦就会停止，而人会醒过来。
2，欺骗。如果一个人讲述了一个编造的假梦或者他改编自己的梦，我们不能直接看出来，判断真假也并不容易。
3.遗忘。在做梦的时候，人不能讲述或记录自己的梦，只能在做完梦醒来后才能讲述梦，而这实际上是回忆梦。梦很容易被遗忘，所以人们讲出来的梦只是真实梦的一些片断。
4.无法重复。绝大多数梦是一次性的，它们出现一次，然后就再也不出现了。少数梦虽然会重复，但是我们也无法有意让它重复。我们不能说：“昨夜的梦没看清楚，今天让我重新梦一次。”
5.难以控制。绝大多数人不可能控制自己的梦。
为了提高研究的可靠性，作者认为可以提出一些原则和方法。本书作者使用了三种内省法。
1.自然内省法。让梦者用讲述或画图等手段表述梦。
2.内省印证法。用不同的人的梦或其中材料作旁证。
3.控制内省法。控制某种条件进行内省，例如，吃咸菜后看是否做饮水的梦。再如，有训练的人可以对梦境进行控制。
作者认为内省法研究可以按以下几条原则减少不可靠性：
1.如果判断出讲述梦的人没有欺骗的动机，则他的内省报告有可信性。这个原则的意义是，如果讲梦的人不想欺骗我们，他的话就可信。
那么如何判断讲述梦的人没有欺骗动机呢？这又可以从以下几方面判断。
如果讲述出来的梦不会给讲述梦的人带来实际利益，则他的内省报告不大可能会有欺骗，从而有可信性。
《后汉书·冯异传》中有一个例子。刘秀问冯异天下的形势。冯异说现在天下无主，劝刘秀即位做皇帝。刘秀这时讲了他的梦：“我昨夜梦乘赤龙上天。”在中国古人心目中，梦见龙或上天都预示着梦者将成为帝王，于是冯异解释说这梦表明刘秀命定要做皇帝，刘秀也就同意即位了。
这个梦对刘秀就很有益。因为刘秀很想做皇帝，但是按中国人的道德传统，他又必须竭力推辞，直到有强有力的做皇帝的理由使他无法推辞才能接受。梦就是一个强有力的理由，是他接受做皇帝建议的最好借口。中国历史上流传的大量这类的梦，可信度都是极低的。这类梦不可以用来作证据。
如果讲述出来的梦会给讲述梦的人带来危害，或者包含着讲述梦的人不愿意暴露的内容，则他的内省报告不大可能有欺骗，从而有可信性。
例如，一农民说他做梦当了皇帝，因此而被皇帝杀死。他的梦就有很高的可信度。
再有，如果梦暴露出梦者不愿意让人知道的心理内容，如对亲人的愤恨、不合道德的性冲动等，这个梦就有一定的可信度。
某女大学生在旅途闲谈中对一个第一次见面的男学生讲了一个梦：“一个男的要给我打针。我有些害怕，那个男人说，不要紧，吃了这片药就没事了。”
这个梦的意义是：那个男人想和她性交，她害怕怀孕，于是那个男人说吃了避孕的药就没事了。显然这个女学生不会愿意对一个刚认识的异性公开自己的性生活，所以这个梦也有可信度。
如果讲述梦的人很诚实，他的内省报告有可信性。相反，如果讲述梦的人喜欢哗众取宠、出风头，他的梦可信性就差。因为他有可能故意把梦“改编”得更为离奇，以图吸引别人的注意。
如果讲述梦的人对梦没有一种极为固定的信念，则他的内省报告有可信性。
假如梦者是坚决相信梦是一种预兆，他可能会报告一些准确地预见了未来的梦。而实际上也许是这样，当一件大事发生后，他在记忆中的许多梦里找到一个和这件事似乎有关系的梦，并且有意无意地改造这个梦，使它似乎成为预兆。