科学合理的专业设置具有一般的程序和规则，农民就业培训的专业设置也不例外。首先，专业设置主体应在弄清国家政策和经济科技发展总形势的前提下，根据自身的条件和对社会需求（包括农民需求和市场需求）的一般估计，提出大概的专业设置意向，经过讨论明确目标，确定专业设置的具体范围。其次，专业设置主体组织设计调研计划，到基层组织、企业、农民和学校中展开大规模调研。专业设置主体应从基层组织、企业专业技术人员、人事部门和管理部门等处了解地方的经济发展对人才需求的种类、规格和数量，掌握第一手材料。在此基础上结合对农民培训需求和学校自身资源条件的调查结果，做出中长期社会需求预测，整理并形成专业设置计划初稿。调研完成后，专业设置主体应组织教育专家、教师、领导和进行讨论，确定专业设置的可行性，制定专业设置方案。最后，制定专业设置方案后，要上报由全校权威专家和领导组成的委员会进行评价。如果委员会讨论通过，则上报上级教育行政主管部门审核批准。专业设置方案一经批准实施，还要不断接受学生、教师、企业专家等多方面的反馈。