我国的社会保障体系框架已经基本建立起来，并且为前一阶段我国的社会和经济发展提供了有效的保障。但是，随着我国现代化进程的不断推进，现有的这个奠基于市场经济初期的社会保障体系越来越难以适应新形势的要求。这些薄弱环节概括起来突出表现为两方面的问题，即效率问题与公平问题。
（一）我国现行社会保障体系的效率问题
这里所讲的效率是指社会保障体系的保障时效、保障范围、保障资金、保障能力问题。社会保障制度的实质是一种社会物质财富的再分配制度，其分配的目的是保障那些遭遇社会风险的社会成员能够成功渡过难关，重新走上发展之路。从这个意义上讲，效率就成为评价一个社会保障体系健全与否的重要标准。
在资金筹集和资源整合方面，我国现行社会保障体系的效率不高表现在，筹资渠道少，筹资范围窄，筹资成本高。我国现行社会保障体系的筹资渠道一是向中央政府要补贴，二是向保障对象及其所在单位收取社会保险费。这两条筹资渠道显然忽视了“社会”层面的资源，而中央政府的财政资金十分有限，用人单位为了降低经营成本而采用各种方法少交社会保险费。在现行体系内，单就养老、医疗、失业三项社会保险而言，雇主缴费已达到工资总额的30%左右，而个人缴费合计也达到了工资总额的10%左右。这两项指标明显高于多数国家的社会保险费水平。较高的社会保障费率，大大影响了企业的盈利水平，将导致企业削减其人力资源支出成本。这种削减会导致整个地区社会保障经费的减少，而社会保障经费的减少又将导致费率的提高。这样会形成一个效率不断降低的恶性循环。
在社会保障基金的运营管理方面，问题主要体现在管理不够规范，监督力度不大，基金运营收益不高。上海高额社会保障资金挪用一案就是一个震惊国人的反面典型。首先，社会保障资金人治管理，没有形成法制管理体系。其次，管理层次过多，政出多门，资金分散，分割了社会保障基金统筹的整体性，基金统筹的调剂功能也难以充分发挥。国家统计局按照农村低收入人口标准694元至958元计算，2006年年底我国农村低收入人口为3550万人，只有1509万人得到了农村最低生活保障，即2041万人享受不到农村最低生活保障。这是政出多门、资金分散的结果。再次，由于管理体制和操作层面的原因，社会保障的统计数据严重失真，失真数据一方面将导致以其作为稽核标准的社会保险费缴费基数偏低，社会保险收入减少；另一方面也将导致根据这些资料计算出来的替代率虚高，这使得一些退休人员为满足生活需要不得不再次进入劳动力市场，进一步增大了就业压力。
在社会保障基金投资运营方面，传统的投资方向是存入银行或者购买国债以获取利息，这种方式虽然安全性较高，但是收益率太低，如果再扣除通货膨胀率，社会保障基金的增值率可能为零，甚至出现负值。如何在安全性和收益性之间做出理性的选择，在保证安全的前提下实现社会保障基金最大增值是需要进一步研究的重大问题。
在社会保险费支付方面，不规范的行为时有发生，使社会保障体系的运转处于低效状态。这一点在各保险项目中都有表现。在失业保险中，有隐性就业的问题，部分人在享受失业保险金的同时又在从事有报酬的工作，造成失业保险金的流失。在养老保险中，存在虚报冒领的情况，如死亡不报告、更改死亡时间以继续领取养老金等。另外，还有一些地方的一些企业，违反政策规定，为职工办理提前退休，造成人力资源浪费和挤占就业岗位并存。